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技術文章
  • 6 2020-4
    NAT MED:繪制腫瘤細胞系代謝圖譜

    1從培養的CCLE細胞系中提取代謝產物體外培養20種主要癌癥類型的928個癌細胞系,用于124種極性代謝物和101種脂類的代謝組學分析(圖1a)。使用層次聚類來評估細胞系之間的代謝相似性。兩個主要的聚類與造血系和非造血系有很強的相關性,表明這兩組的主要代謝是有差異的(p確切檢驗)。為了進一步量化代謝物水平(y)與主要癌癥譜系(X)的關系程度,采用線性回歸模型進行分析。結果表明,225個代謝物中有148個的譜系效應(定義為r2)大于0.1,表明這些代謝物中至少有10%的跨細胞系...

  • 26 2020-3
    不明覺厲!酰基-生物素交換法是個什么 鬼?

    大家在讀醫學研究文獻時常常會看到1種不明覺厲的研究技術,叫“Acyl-biotinylExchange”,12271228翻譯過來就是“酰基-生物素交換法”。這種方法主要用于研究蛋白質所發生的翻譯后修飾。大多數蛋白分子都有多個不同的翻譯后修飾機制,用以調節蛋白功能。蛋白質zui常見的翻譯后修飾方式叫磷酸化,主要發生在絲氨酸、蘇氨酸等殘基位點上,常常通過特異性的抗體進行檢測。除了磷酸化之外,蛋白質的翻譯后修飾的方式還有很多,例如糖基化、乙酰化、甲基化、亞硝基化、谷胱甘肽化、棕櫚...

  • 26 2020-3
    基礎掃盲貼:如雷貫耳的 BLAST 到底是 啥?

    Blast(BasicLocalAlignmentSearchTool),可謂生信領域zui常用的工具,拿到1段序列(測序結果,或設計好的引物等等),1般都會去blast1下,查找相似序列。在查找相似序列的基礎上衍生出了各種作用,比如鑒別基因組,蛋白質,查找特定靶區,檢驗引物特異性等等。自打1990年由AltschulSF等人開發出來,NCBI引進,至今還在改善,更新算法。量身選用數據庫做BLAST不僅要考慮選擇哪種算法,還要考慮選哪個數據庫來比對。我們zui常用的可能就人1...

  • 26 2020-3
    來聊一聊那些五花八門的生信數據庫

    當我們資源不足時,自然會想要找一些省錢的辦法來發文章,窮則思變嘛。生信是個好辦法,可是有些醫生朋友還是覺得不太熟悉,別說后邊的分析方法了,就連開始找數據都不好找。研究腫瘤的比較有福,腫瘤的數據zui豐富了,像大名鼎鼎的TCGA、Ocomine等。可研究其他疾病的怎么辦,有沒有疾病特異性數據庫呢?資源上哪找隨著研究成果的積累,大大小小的數據庫們就冒了出來,駐扎在互聯網的各個角落,現在已1218經有了上千個。找數據比較權wei的資源集中站,是牛津大學出版社的NucleicAcid...

  • 26 2020-3
    腫瘤模型技術要更新了!

    腫瘤細胞構建的大問題在于腫瘤微環境的復雜性,人類的機體并不像培養皿(瓶)般是塑料的。而且隨著癌癥的復雜性被越來越多的研究揭露出來,腫瘤組織不僅僅是由腫瘤細胞所1214組成的觀點已經成為普遍共識,因而,許多研究人員都認為是時候升級他們在實驗室中構建腫瘤模型的方法及技術了。腫瘤模型構建的瓶頸腫瘤細胞構建的大問題在于腫瘤微環境的復雜性,人類的機體并不像培養皿(瓶)般是塑料的。而且隨著癌癥的復雜性被越來越多的研究揭露出來,腫瘤組織不僅僅是由腫瘤細胞所組成的觀點已經成為普遍共識,因而,...

  • 26 2020-3
    常見腫瘤動物模型一覽

    利用實驗動物進行整體水平的腫瘤研究,是基礎研究中的重要組成,可以說是高分文章*之選。翠花這里給大家匯總了常用的腫瘤動物模型,歡迎收藏!1、自發瘤模型:實驗動物未經任何有意識的人工處理,自然發生腫瘤1208優點:①近似人類腫瘤發生過程,實驗結果更易于外推到人;②相比移植瘤,對藥物的敏感度不高,療程長,便于進行綜合治療;③可觀察遺傳因素在腫瘤發生上的作用。1209缺點:①個體之間生長速度差異較大,腫瘤發生發展參差不齊,很難在限定時間內獲得大量生長均勻的荷瘤動物;②試驗周期長;③需...

  • 25 2020-3
    我是小鼠,你們了解我嗎?

    腫瘤細胞構建的zui大問題在于腫瘤微環境的復雜性,人類的機體并不像培養皿(瓶)般是塑料的。而且隨著癌癥的復雜性被越來越多的研究揭露出來,腫瘤組織不僅僅是由腫瘤細胞所1214組成的觀點已經成為普遍共識,因而,許多研究人員都認為是時候升級他們在實驗室中構建腫瘤模型的方法及技術了。腫瘤模型構建的瓶頸腫瘤細胞構建的zui大問題在于腫瘤微環境的復雜性,人類的機體并不像培養皿(瓶)般是塑料的。而且隨著癌癥的復雜性被越來越多的研究揭露出來,腫瘤組織不僅僅是由腫瘤細胞所組成的觀點已經成為普遍...

  • 25 2020-3
    動物愛清潔——我的干凈,你不知道

    在世人的眼中,我不是個愛干凈的家伙,成日穿梭在垃圾堆中,不洗澡,不刷牙,1身臭烘烘的,這世上愛我只有貓,可是我不愛他。我聽親戚們說,要想過上“高帥富”的生活,只能進實驗室這個”皇宮”,但是進去的沒有1個能活著出來,關于實驗室,只能是個傳說…..據說那里面的家伙都很愛干凈,難道他們天天洗澡嘛?可是我們小鼠的爪子這么短,后1196背是撓不到的,怎么洗?我的腦海中充滿了問號。四等“高帥富”:清潔級動物他們在微生物控制方面,除要求必須不帶有人獸共患病原和烈性傳染病病原及常見傳染病病原...

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