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基礎掃盲貼:如雷貫耳的 BLAST 到底是 啥?

更新時間:2019-04-06瀏覽:1182次

BlastBasic Local Alignment Search Tool),可謂生信領域zui常用的工具,拿到1段序列(測序

結果,或設計好的引物等等),1般都會去 blast 1下,查找相似序列。在查找相似序列的基

礎上衍生出了各種作用,比如鑒別基因組,蛋白質,查找特定靶區,檢驗引物特異性等等。

自打 1990 年由 Altschul SF 等人開發出來,NCBI 引進,至今還在改善,更新算法。

量身選用數據庫

BLAST 不僅要考慮選擇哪種算法,還要考慮選哪個數據庫來比對。我們zui常用的可能就人

1222類或小鼠基因組+轉錄組,但仍可根據自身情況選擇合適的數據庫,能大大節省檢索時間,

并提高返回的結果的質量和特異性。

不過這么多庫怎么選呢,可以點1下旁邊的問號(Help),查看選所的數據庫的說明:

再者,如果你已經知道你要查的序列來自哪個物種,或你要跟哪個物種比對,也可以在

Organism 選項框中輸入,也可以減少 BLAST 的操作程序,節省時間。

不同的序列要用不同的算法

1223BLAST 工具跟1套手術器械似的,不同的算法干不同的活,得根據自己需要的信息,選擇需

要的工具。可以看到檢索頁面上方有 5 個選項卡,分別代表 5 種查詢類型。

各大類之下可能還有幾個小分類可選:

它們的功能要點總結如下:

1224結果解讀

找1小段蛋白序列來試1下那個新算法 Quickblastp。可能是我的序列太短了,并沒有感覺到

Quick (0.0) 如果你的序列夠長可以體會1下。

首先會看到1個表頭,展示這次比對的基本信息,如比對類型、序列長度、所選的數據庫等

等,就不貼圖了。

接下來就是圖形描述(Graphic Summary)。

1225第1部分是保守域,當檢測到時才會顯示。

第二部分是比對上的序列(hit)在查詢序列上的分布。有刻度的條帶是序列的坐標,其下的

每1個細條帶代表1段 hit,其顏色是按上方的顏色標尺顯示比例得分(alignment score),

得分越高,相似度越高。另外還可注意 E valueE 值越低,相似度越高,點擊可顯示詳細信

息。

保守域也可點開查看詳情,在每個 hit 上懸浮鼠標可看到它編碼的蛋白的 3D 結構圖以及功

能等詳細說明,在下方的列表中點開+號還可看到具體的序列。

1226這樣便可對你的序列特征和功能有個大致的了解

 

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